Les parents de Eliot Grant sont des scientifiques qui étudient un jour sur un animal inconnu et une civilisation ancienne supérieure à l'Homme mais disparue. Cette civilisation, les Cyniclons, ont quitté la Terre il y a 300 millions d'années à cause d'un cataclysme pour chercher une planète hélas celle trouvée pour s'y abriter est trop hostile, des "chevaliers" contrôlés par le Seigneur Bleu sont censés reprendre la Terre aux humains qui la polluent pour s'y installer. Wesley, l'assistant du père aidera le fils Elliot à étudier pour reprendre les travaux de son père quand il sera plus âgé. À leur retour, ils voient le manoir Grant en flamme avec l'étrange animal présent et vivant, les parents de Eliot ayant péris dans les flammes. Eliot et Wesley reprennent le travail de ses parents et entreprennent le projet Mew Mew destiné à protéger le monde de ces créatures. Mais avant d'injecter de l'ADN directement dans le corps des filles destinées à les recevoir, Eliot se l'injecte sur lui et se transforme en chat gris et peut se métamorphoser à volonté mais pas plus de 10 minutes sinon il restera un chat à vie !
Les 2 associés observent le monde avec des analyseurs d'ADN spécialement conçus pour retrouver les filles destinées à cette mission. Zoey(Ichigo), une adolescente est allée avec Mark (Aoyama) dans une exposition d'animaux en voies de disparitions. À la fin de la journée,Zoey et 4 autres filles seront transformées en Mew Mew mais sans le savoir grâce à un rayon conçu par Eliot et Wesley situé sur le toit du café Mew Mew leur repère et couverture secrets. Ce rayon mélange leur ADN avec celui d'un animal en voie d'extinction (Red Data Animal). Zoey verra de temps en temps des oreilles ou une queue de chat qui poussent et un comportement semblable à cet animal (dormir, manger du poisson, attérir sur ses pattes etc.) et verra Mark attaqué par un Prédasite(Chimera Animal).
Eliot croisera Zoey et lui donnera la pierre de puissance pour établir la métamorphose pour combattre le Prédasite. Une fois le Prédasite vaincu, Zoey décroche un emploi de serveuse dans le café Mew Mew et doit retrouver les 4 autres filles qui doivent l'aider dans la mission de protéger l'Humanité et Wesley lui offre Mini Mew (Masha), un robot destiné à détecter et manger les Prédasites hors d'un être vivant.
Zoey trouvera au fur et à mesure dans l'ordre Corina(Mint), Briget(Lettuce), Kiki (Pudding) et Estelle (Zakuro) pour l'aider dans sa tache mais pour Estelle, une grande célébrité ce fut plus difficile car elle voulait au début travailler seule et les Cyniclons voulaient la convertir de leur côté mais sans succès. Les animaux dont les ADN sont mélangés avec ceux des filles sont: le chat d'iriamote pour Zoey (un chat) le lori bleu pour Corina (un oiseau) le tamarin lion a tete doré pour Kiki (une sorte de singe) le marsoin abdére pour Briget (une sorte de dauphin) le loup gris pour Estelle
Après des combats contre des Prédasites et les Cynyiclons, on découvre l'existence de le Eau Bleu (Mew Aqua), sous forme cristallisé il dégage une forte énergie pouvant améliorer les capacités de chaque être qui le possède.
